Bereits zwei Jahre vor Ende des Dreißigjährigen Krieges begannen die Friedensverhandlungen zwischen Kaiser Ferdinand III. und seinen Gegnern Frankreich und Schweden. Es dauerte jedoch noch bis 1648 ehe man sich in Münster und Osnabrück auf Friedensverträge einigen konnte. Die Gesamtheit dieser zwischen Mai und Oktober abgeschlossenen Verträge gingen als Westfälischer Frieden in die Geschichte ein und hatten zahlreiche Auswirkungen auf das Reich.


Friedensschluss in Münster (15. Mai 1648) nach einem Gemälde von Gerard ter Borch
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So brachte der Westfälische Frieden einige territoriale Veränderungen im Heiligen Römischen Reich mit sich. Dementsprechend bildeten z.B. die Eidgenossenschaft (Schweiz) und die Niederlande fortan unabhängige Staaten während Teile von Norddeutschland (z.B. Vorpommern) den Schweden zugeschlagen wurden. Daneben sollte die katholische und die evangelische Konfession vollkommen gleichgestellt werden.
Insgesamt lässt sich sagen, dass der Westfälische Frieden ein großer Kompromiss zwischen allen Vertragspartnern war und eines der wichtigsten Dokumente des Heiligen Römischen Reiches darstellt. Die Macht zwischen Kaiser, Reichsständen und Reichsinstitutionen wurde zwar neu ausbalanciert, änderte sich aber kaum im Gegensatz zum Vorkriegszustand.
So Bestand das Heilige Römische Reich deutscher Nation auch nach dem Krieg fort, u.a. weil mit den Franzosen im Westen und den Türken im Osten zwei Gefahren lauerten, die einen Reichsverband mit handlungsfähiger Reichsspitze nötig machten.

Kaiser Ferdinand berief für Ende 1652 einen Reichstag nach Regensburg ein, an dem er selbst bis zum Tagungsende im Jahre 1654 teilnahm. Eine dort anwesende Gruppe von Fürsten, die das Privileg der Königswahl auf alle Fürsten ausweiten und die Macht der Kurfürsten einschränken wollte, konnte sich nicht gegen die Mehrheit durchsetzen.
Ferdinand starb schließlich am 2. April 1657 und sein Sohn Leopold I. wurde zum neuen König und Kaiser gewählt, da sein bereits als Mitkönig gewählter älterer Sohn Ferdinand IV. 1654 an Pocken verstarb.

Während Leopolds Amtszeit kam es neben militärischen Auseinandersetzungen mit Frankreich (unter Ludwig XIV alias "der Sonnenkönig") auch zur Belagerung Wiens durch Türkische Truppen.
Im Juli 1683 rückten die Türken mit ca. 120.000 Mann an und belagerten die Stadt zwei Monate lang. Obwohl Wien nach heutigen Schätzungen nicht mehr als 30.000 Mann zur Verteidigung aufbringen konnte, gelang es alle Eroberungsversuche abzuwehren. Zu verdanken war dies vor allem den starken Befestigungsanlagen, die nach der ersten Wiener Türkenbelagerung (1529) gebaut wurden. Als im September endlich ein Entsatzheer mit ca. 70.000 Mann vor Wien eintraf und die Türken vertreiben konnte war die Belagerung beendet.
In den folgenden Jahren gelang es den kaiserlichen Feldherren, im sogenannten "Großen Türkenkrieg" (1683 - 1699), ganz Ungarn zu erobern und den Habsburger Machtbereich weit in den Osten auszudehnen.
Leopold starb schließlich 1705 nach langer Amtszeit und konnte das Zepter an seinen ältesten Sohn Joseph, fortan Joseph I. (HRR), weiterreichen.

Josephs Regierungszeit war vor allem durch den Spanischen Erbfolgekrieg gekennzeichnet. Da der Spanische König Karl II. kinderlos verstorben war erlosch die spanische Linie der Habsburger und die Nachfolge musste neu geregelt werden. Sowohl das Haus Habsburg als auch Frankreich machten Thronansprüche geltend, was unweigerlich in einem Konflikt endete.
Insgesamt dauerten die Kampfhandlungen bis ins Jahr 1714, ehe es zu einem Friedensschluss kam. Obwohl alle Konfliktparteien am Ende des Krieges Teilerfolge erzielen konnten, so gewann Österreich u.a. die Österreichischen Niederlande (heute Belgien) und das Königreich Neapel, gelang es Frankreich seinen Kandidaten Philipp V. als neuen spanischen König durchsetzen.

Joseph selbst erlebte den Friedensschluss nicht mehr, da er nach sehr kurzer Amtszeit, bereits im Jahre 1711 verstorben war und so sein Bruder Karl VI. zum neuen römisch-deutschen Herrscher wurde.
Unter ihm wurde ein neues Habsburger Hausgesetz erlassen, welches die Erbfolge bestimmte. So wurde in der unter dem Namen "Pragmatische Sanktion" bekannten Urkunde die Unteilbarkeit der Habsburger Länder festgelegt und auch Frauen wurden erstmals als Erbberechtigt anerkannt, falls kein männlicher Nachfolger vorhanden war.

Zwar konnte das Amt des römisch-deutschen König und Kaisers weiterhin nur von Männern eingenommen werden, dennoch profitierte 1740 Karls Tochter Maria-Theresia vom neuen Gesetz, als sie nach dessen Tod Erzherzogin von Österreich wurde.
Da einige europäische Fürsten nun aber selbst Anspruch auf die Habsburger Erblande erhoben und mit Preußen eine zweite deutsche Großmacht Aufstieg, die dies zu ihrem Zweck nutzen wollte, sollte es schon Ende 1740 zu einem neuen Krieg kommen: Dem Österreichischen Erbfolgekrieg.