Der Prager Fenstersturz (siehe Reformation) und die damit einhergehende Revolte in Böhmen führten in einem Krieg der schlussendlich 30 Jahre über das Heilige Römische Reich ziehen sollte und später unter dem Namen "Der Dreißigjährige Krieg" in die Geschichte einging.

In Böhmen begann man kurz nach der Revolte mit der Ausarbeitung einer eigenen Verfassung und der Aufstellung einer starken Verteidigung gegen die kaiserlichen Armeen. Hierfür gewann man Friedrich V. von der Pfalz (Oberhaupt der Protestantischen Union) und Karl Emanuel I. (Herzog von Savoyen).
Die Aufständischen hatten in den ersten Kampfhandlungen auch Erfolg, eroberten Pilsen und zwangen die kaiserlichen Truppen zum Rückzug. Die geplante Einnahme von Wien scheiterte allerdings und die Böhmischen Truppen mussten sich zur Verteidigung zurückziehen.

Nachdem Kaiser Matthias 1619 verstarb wurde Ferdinand II. als sein Nachfolger bestimmt und am 28. August in Frankfurt am Main zum römisch-deutschen Kaiser gekürt. Er konnte mit dem Vertrag von München den bayerischen Herzog Maximilian zum Kriegseintritt auf kaiserlicher Seite bewegen, während es Friedrich von der Pfalz (mittlerweile Böhmischer König) Ende 1619 nicht schaffte alle reformierten Fürsten zu einer Versammlung zusammenzurufen.
Als Der Kaiser Anfang 1620 auch noch mehrere kaisertreue protestantischen Fürsten auf seine Seite bringen konnte, was auch verdeutlicht, dass der Krieg nicht nur ein Religionskrieg war, schien die Lage für die Aufständischen in Böhmen aussichtslos.

Am 8. Mai 1620 kam es in der Nähe von Prag zur berühmten "Schlacht am Weißen Berg". Hier standen sich das böhmische Heer unter Christian von Anhalt und die kaiserlichen Truppen mit den Feldherren Graf von Buquoy und Tilly gegenüber. Während die katholische Liga mit fast 40.000 Mann anrückte, konnte es das protestantische Böhmen auf gerade einmal 13.000 Mann bringen.
Nach einer brutalen Schlacht mit vielen Toten und Verwundeten gelang dem kaiserlichen Heer schließlich ein großer Sieg: Böhmen konnte rekatholisiert werden, Friedrich von der Pfalz musste fliehen und zahlreiche Aufständische wurden hingerichtet.


Darstellung der Schlacht am Weißen Berg auf einem Gemälde von Pieters Snayers
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Auch in der Kurpfalz, dem Erbland von Friedrich, kam es bald zu ersten Kämpfen. Ein Einmarsch kaisertreuer Truppen konnte zwar am 27. April 1622 bei der Schlacht von Mingolsheim gestoppt werden, aber die zahlenmäßige Überlegenheit der kaiserlichen Truppen zahlte sich schließlich aus. Schlussendlich verlor Friedrich die Kurwürde und ging ins Exil. Die Oberpfalz, damals noch ein Teil der Kurpfalz, wurde später an Bayern übertragen und wie Böhmen rekatholisiert.

Die Erfolge Kaiser Ferdinands II. riefen schon bald Frankreich auf den Plan, das Mitte der 1620er Jahre eine antihabsburgische Politik betrieb. Auf Drängen des im Exil lebenden Friedrichs und mit Unterstützung von Frankreich bildete sich im Dezember 1925 die sogenannte Haager Allianz aus Dänemark, England und den Niederlanden. Der Dreißigjährige Krieg war nun zu einem europäischen Krieg geworden.
Christian IV., seinerzeit König von Dänemark, stellte schließlich ein großer Heer auf um die norddeutschen Fürstentümer vor dem Habsburger Kaiser zu sichern. Im katholischen Lager machte der böhmische Adelige Albrecht von Wallenstein dem Kaiser das Angebot, ein Heer auf vorerst eigene Rechnung aufzustellen, um der neuen Bedrohungssituation zu begegnen. Im Juni 1625 wurde dem Anliegen vom Kaiser stattgegeben und Wallenstein wurde damit beauftragt, eine 24.000 Mann starke Armee aufzubauen, die Ende des Jahres sogar bis auf 50.000 Mann anwachsen sollte.

1926 stand Christian IV., der selbst kaum Unterstützung aus dem protestantischen Lager erhielt, sowohl dem eigentlichen Heer der katholischen Liga unter Tilly, als auch der Armee Wallensteins gegenüber. So war es nicht verwunderlich, dass die Dänen am 27. August 1626 eine vernichtende Niederlage einstecken mussten.
Ein Jahr später stieß Wallenstein mit seiner Armee bis ins Dänische Festland vor und konnte große Teile Dänemarks besetzen. 1629 war Dänemark schließlich gezwungen einen Friedensvertrag zu unterzeichnen, der ihnen eine weitere Einmischung in den Krieg untersagte.
Der Kaiser des HRR war nun auf dem Höhepunkt seiner Macht angekommen und die protestantische Sache schien verloren, allerdings sollte sich das Blatt schon bald wenden.

Kaiser Ferdinand verlangte nun von den protestantischen Fürsten im sogenannten Restitutionsedikt, dass sie die während der Reformationszeit einverleibten geistlichen Gebiete wieder abtreten sollten. Dieses Vorhaben fachte den schon gebrochenen Widerstand der Protestanten erneut an und war von größerer Bedeutung als die religiösen Gegensätze.
Weiter im Norden mobilisierte nun der schwedische König Gustav Adolf seine Truppen um den Protestanten zur Seite zu stehen. Auch ihn ging es aber in erster Linie um Machtansprüche und Gebietserweiterungen. Mitte 1630 landete er mit seinen Truppen auf Usedom und zwang mehrere protestantische Fürsten zu einem Bündnisvertrag. Nun sollte der Krieg der schon zuvor grausam im Heiligen Römischen Reich gewütet hatte und mit dem Grundsatz "Der Krieg ernährt den Krieg" zu zahlreichen Plünderungen geführt hatte, in eine noch brutalere Phase übergehen.

Anfang Mai 1631 belagerte Tilly mit einem fast 30.000 Mann starken kaiserlichen Herr die auf protestantischer Seite stehende Stadt Magdeburg. Die Schweden die zu diesem Zeitpunkt weiter östlich standen und angeschlagen waren verzichteten auf einen Befreiungsversuch.
Als Magdeburg schließlich am 20. Mai fiel kam es zu einem der schlimmsten Verbrechen des Krieges: Die Einwohner wurden als Vogelfrei erklärt und es kam zu zahlreichen Gräueltaten, wie Mord und Vergewaltigung, auch an Kindern. Insgesamt kostete dieses als "Magdeburger Hochzeit" bekannte Ereignis etwa 20.000 Menschen das Leben. Dieses Massaker erschrak auch viele Angehörige der kaiserlichen Armee, so schrieb z.B. der General Pappenheimer einen Tag nach der Eroberung:

"Es ist gewiß, seyd der Zerstörung Jerusalem, kein grewlicher Werck und Straff Gottes gesehen worden."

Am 17. September 1631 traf die Armee Tillys schließlich auf die Schwedischen Truppen und musste eine vernichtende Niederlage einstecken. Dies führte dazu, dass die Schweden in der Folgezeit weiter nach Süddeutschland vordringen konnten und dort Angst und Schrecken verbreiteten (Stichwort Schwedentrunk).
Der kaiserliche Heerführer Tilly wurde Anfang 1632 bei einer Schlacht gegen die Schweden stark verwundet und starb kurze Zeit später an den Folgen. Kaiser Ferdinand holte daraufhin Wallenstein, der zwei Jahre zuvor, aufgrund seiner zu groß werdenden Macht, abgesetzt wurde, wieder zurück. Schon im September 1632 gelang es Wallenstein den Schweden bei einer Schlacht nahe Nürnberg große Verluste zuzufügen, ehe der Schwedenkönig Gustav-Adolf am 16. November 1632 bei der Schlacht von Lützen tödlich verwundet wurde.


Die Leiche von Gustav Adolf vor der Überfahrt nach Schweden
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Auch nach diesem Rückschlag führten die Schweden die Kämpfe unter neuer Führung fort und der Krieg dauerte an. Wallenstein, der in geheime Friedensverhandlungen verstrickt war, fiel nun beim Kaiser endgültig in Ungnade und wurde im Januar 1634 abgesetzt. Des Hochverrats beschuldigt wurde er schließlich am Abend des 25. Februar 1634 in Eger ermordet.
Trotz des Verlustes Wallensteins konnten die kaiserlichen Truppen im September des gleichen Jahres einen großen Sieg gegen die Schweden erzielen, die sich daraufhin komplett aus dem süddeutschen Raum zurückzogen.

1635 brachen die ersten protestantischen Fürsten mit den Schweden und schlossen mit Kaiser Ferdinand II., der zwei Jahre später durch seinen Sohn Ferdinand III. ersetzt werden sollte, einen Friedensvertrag. In diesem, als Prager Frieden bekannten, Vertrag wurde eine Aussetzung des Restitutionsedikt für vierzig Jahre erwirkt. Spätestens jetzt war der Dreißigjährige Krieg, der nun in seine letzte Phase eintauchen sollte, kein Konfessionskonflikt mehr.
Frankreich, obwohl selbst katholisch, befürchtete schon lange einen mächtigen Kaiser im Heiligen Römischen Reich und beschloss nun den Kriegseintritt auf Schwedischer Seite. Das bereits in Trümmern liegende Reich sollte nun für weitere 13 Jahre von Schlachten und Plünderungen heimgesucht werden ohne dass es einen entscheidenden militärischen Sieger gab.

Erst 1648 waren die Kriegsparteien weit genug um endlich einen allgemein gültigen und anhaltenden Friedensvertrag zu unterzeichnen: Den Westfälischen Frieden.
Der Dreißigjährige Krieg, der in Teilen des Reiches zwei Drittel der Bevölkerung dahingerafft hatte, war endlich zu Ende. Es sollte über 100 Jahre dauern bis sich das Heilige Römische Reich deutscher Nation vollständig von den Kriegsfolgen erholt hatte.