Bei der Königswahl von 1125 setzte sich mit Lothar III. vorerst ein Kandidat aus dem Hause der Supplinburger gegen Herzog Friedrich aus dem Geschlecht der Staufer durch.
Zwischen ihm und den Staufern kam es alsbald zum Streit um das Erbe der Salier, was schon im Jahr seiner Krönung zu ersten Kämpfen führte. 1127 stellten die Staufer mit Konrad III. (einem Bruder von Friedrich) einen Gegenkönig auf, der aber nach längeren Auseinandersetzung im Jahre 1135 von Konrad besiegt werden konnte. Nur zwei Jahre später starb Lothar III. auf der Rückreise eines Italienfeldzuges, womit der Weg im HRR für die Staufer doch noch frei wurde.

Bei der Königswahl 1138 konnte sich Konrad, auch aufgrund seiner Erfahrung, als regulärer König durchsetzen. Während seiner Amtszeit hatte er ein gutes Verhältnis zur Kirche und machte sich 1147 mit einem 20.000 Mann starkem Herr auf den Weg, um am zweiten Kreuzzug teilzunehmen.
Allerdings wurde dies ein Fiasko für ihn, da er mit ständigen Versorgungsproblemen zu kämpfen hatte und bereits auf dem Gebiet der heutigen Türkei eine vernichtende Niederlage einstecken musste. Als dann auch noch die Belagerung von Damaskus missglückte, machte er sich 1148 auf den Rückweg.
Auch aus seiner für den Herbst 1152 geplanten Kaiserkrönung wurde nichts, da er am 15. Februar 1152 verstarb.

Da Konrads einziger Sohn bereits zwei Jahre vor ihm verstorben war, konnte sich bei der Wahl des neuen Königs sein Neffe Friedrich I., besser bekannt als "Barbarossa", durchsetzen.
Seine Politik war vom so genannten "Honor Imperii" (Ehre des Reiches) geleitet, welches einen Anspruch des Heiligen Römischen Reiches auf Güter und Gebiete in Mittel- und Unteritalien sah. Bereits 1154 unternahm er deswegen seinen ersten Italienzug, dem später noch fünf weitere folgen sollten.
Obwohl er bereits 1155 zum Kaiser gekrönt wurde, verschlechterte sich sein Verhältnis zum Papsttum zusehends. Als schließlich 1159 Papst Alexander III. nicht einstimmig gewählt und von Barbarossa nicht anerkannt wurde, kam es zu mehreren militärischen Auseinandersetzungen. Erst im Frieden von Venedig (1177) konnte schließlich zwischen dem Papst und dem Kaiser eine Einigung erzielt werden.

Am 11. Mai 1189 brach Friedrich Barbarossa mit einem Heer von 15.000 Mann zum dritten Kreuzzug auf. Er versprach sich durch die Teilnahme u.a. die Vergebung seiner Sünden und die Erlangung von Ruhm und Ehre.
Nach anfänglichen Erfolgen in der Schlacht bei Iconium, ertrank Barbarossa im Juni 1190 im Fluss Saleph (heutige Südtürkei). Seine genauen Todesumstände blieben allerdings ungelöst, so wird u.a. vermutet, dass er lediglich ein Bad nehmen oder einfach ans andere Ufer gelangen wollte.


Friedrich Barbarossa während des dritten Kreuzzuges auf einem Manuskript aus dem 15. Jahrhundert
(Dieses Bild ist gemeinfrei und nicht urheberrechtlich geschützt)

Mit Heinrich VI. wurde 1190 erstmals seit langem wieder ein Kaisersohn der direkte Nachfolger.
Wie bei vielen seiner Vorgänger war auch sein Augenmerk auf Italien gerichtet. 1194 gelang ihm die Eroberung Unteritaliens und Siziliens, womit das Heilige Römische Reich seine größte Ausdehnung erreicht hatte. Sein Plan, eine Erbmonarchie (ohne Wahlen) wie in Frankreich einzuführen, scheiterte jedoch. Im Jahre 1197 starb er mit gerade einmal 32 Jahren an einer Seuche.

Im darauf folgenden Jahr wurden mit Philipp von Schwaben (Staufer) und Otto IV., aus dem Hause der Welfen, zwei konkurrierende Könige gewählt.
Obwohl der Papst König Otto favorisierte, konnte sich Philipp fürs Erste durchsetzen und Otto IV. isolieren. Dies änderte sich jedoch am 21. Juni 1208, als Philipp nach der Hochzeit seiner Nichte Beatrix, in Bamberg ermordet wurde. Nun konnte sich Otto doch noch als König etablieren und erlangte ein Jahr später sogar die Kaiserkrönung. 1210 kam es allerdings zum Bruch mit dem Papst, der nun Friedrich II. (Sohn von Heinrich VI.) und dessen Ansprüche auf den Thron unterstützte.
Nach der Niederlage in der Schlacht bei Bouvines im Jahre 1214 musste Otto zugunsten Friedrichs abdanken, und das Reich war nach kurzer Unterbrechung wieder in der Hand der Staufer.

Friedrich II., dessen Heimat Sizilien war, hielt sich während seiner Amtszeit nur kurz im deutschen Reichsteil auf, was zu einer weiteren Stärkung der Landesherren führte. Er ließ 1222 seinen Sohn Heinrich VII. und 1237 dessen Bruder Konrad IV. als Mitkönige wählen und konzentrierte sich selbst vorwiegend auf die Verwaltung des Königreich Siziliens.
Trotz Streitigkeiten mit dem Papsttum begab er sich auf einen Kreuzzug, und erreichte 1229 sogar die kampflose Übergabe von Jerusalem. Trotz alledem kam es auch nach seiner Rückkehr zu weiteren Konflikten mit dem Papst, von dem er sogar als "Anti-Christ" verunglimpft wurde, bis er schließlich am 13. Dezember 1250 überraschend verstarb.

Sein bereits als Mitkönig eingesetzter Sohn Konrad IV. setzte den Kampf gegen den Papst fort und wurde 1251 sogar exkommuniziert. Dennoch gelang es ihm das Reich nochmals etwas zu stabilisieren bevor er am 21. Mai 1254 verstarb. Die Zeit der Staufer im Heiligen Römischen Reich war endgültig abgelaufen.